Evrim Hezeyanları 3: Retrovirüsler

Endojen retrovirüsler olarak adlandırılan bazı virüsler, kendi genomlarının kopyalarını hastalık bulaştırdıkları canlıların DNA’larının içine yerleştirirler.
Eğer bu virüsler sperm ya da yumurta hücrelerine bulaşırlarsa, o hücrelere yerleştirdikleri genetik materyalleri gelecek nesillere de aktarılabilir. Bu kalıntıların bazılarının insanlar ve şempanzelerin kromozomlarında aynı yerlerde bulunmalarından hareketle evrimciler bunun ortak atanın delili olduğunu iddia ederler.
Bu retrovirüslerin insan ve şempanze hücrelerinde yerleşimine dair belki milyonlarca kombinasyon ihtimali varken, insan ve şempanzede farklı yerlere değil de özellikle aynı bölgelere birbirlerinden bağımsız olarak entegre olmalarının trilyonda bir ihtimal olduğunu söylerler. Onlara göre; trilyonlarca farklı yerleşim imkanı varken, farklı farklı yerlere değil de; aynı bölgelere yerleşimin tek makul izahı vardır: ortak ata.
Yani ortak atamıza girmiş bir retrovirüs kalıntısı nesilden nesile bütün torun döllere aktarılmıştır ve o yüzden hepimizde bu retrovirüsler aynı yerdedir.
Ancak retrovirüslerin farklı türlerin DNA'larında farklı yerlere değil de aynı genetik lokuslara birbirlerinden bağımsız olarak girmeleri zannettikleri gibi imkansız değildir. Terminolojiye boğmadan bir-iki örnek verelim:
Mesela; birden fazla füze aynı komutla tek bir yere kilitlenebilir, dünya üzerinde füzelerin düşme ihtimali olan belki trilyonlarca yer olduğu hâlde hepsi neden aynı noktaya düşer? Çünkü özel olarak o programlandıkları yere fokuslanırlar.
Birisi dese ki; "Bu 8 farklı füzenin hepsinin de  aynı yere düşmesi imkansızdır; trilyonda bir ihtimaldir, çünkü dünya üzerinde trilyonlarca yer var, bu yüzden 8'inin de bu trilyonlarca farklı yerlere değil de; özel olarak aynı yere düşmesi mantık dışı"..Komik kaçmaz mı?
Kaçar. Çünkü füzeler bu trilyonlarca yerden özel olarak sadece birini vurmak için programlanmışlardır ve aldıkları bu komut sayesinde aynı koordinata nokta atışı düşerler.
İşte retrovirüsler de, belirli bir bölgeye düşmeye komut almış füzeler gibi; özel olarak o genetik lokusa penetre olabilirler.
Bu yüzden neden farklı farklı yerlere değil de, özel olarak o bölgeye girdikleri hiç şaşırtıcı değildir. Farklı füzelerin trilyonlarca yer arasında aynı bölgeye düşmelerinin şaşırtıcı olmadığı gibi.
Meseleyi terimlerden arındırarak biraz daha somutize edelim:
Bir gecekondu mahallesi düşünün. Hepsi de yıkık dökük, virane, perişan vaziyetteki binlerce evden oluşan o mahallede sadece tek bir tane malikane olsun. Göz alıcı şatafatıyla lüks bir ev.
O bölgeye 7 hırsız girmiş olsun ve 7'si de aynı eve yani o lüks malikaneye girmiş olsunlar.
Bu durumda "Kesin o hırsızlar önceden kendi aralarında anlaştıkları için aynı eve girdiler, yoksa bunca ev varken 7'sinin de aynı lüks eve girmiş olmaları mümkün değil.." Diyebilir miyiz?
Diyemeyiz; çünkü o hırsızlar birbirlerinden tamamen habersiz ve bağımsız olarak da aynı malikaneye girmiş olabilirler. Binlerce virane arasında zenginliğiyle göz kamaştıran tek ev o malikanedir ve mıknatıs gibi çeker hırsızları.
Mahallenin tüm evleri gecekondu ve harabe iken neden göz alıcı parıltısı ile mahallede göze çarpan lüks ev yerine içlerinde paçavra dışında mal bulunmayan harabe evlere girsinler ki hırsızlar?
Hepsi aynı eve yöneldi; çünkü o ev bir hırsız için tam bir cazibe merkezi.
Aynen bunun gibi retrovirüsleri de mıknatıs gibi çeken özel entegrasyon bölgeleri, yani retrovirüsler için cazibe merkezi olan spesifik bölgeler vardır. Ve virüsün diğer bölgelere değil de, özel olarak o bölgeye girmeleri, o bölgenin retrovirüs için albenisinin yüksek olmasından da kaynaklanabilir.
Fakir mahalledeki tek zengin evine farklı hırsızların birbirlerinden bağımsız olarak girmeleri ne kadar doğalsa, aynı bağlanma yerine farklı virüslerin birbirlerinden bağımsız olarak girmeleri de o kadar doğaldır.
Ki bunu destekleyen pek çok örnek de var. Sadece bir kaçını verelim:

2009 yılında Levy ve arkadaşlarının yaptıkları bir çalışma da retrovirüs elemanlarının spesifik hedef bölge tercihinde bulundukları; yani özel olarak belirli bir bölgeyi hedefledikleri görülmüştür.
Bir kromozom üzerinde bir yerden başka bir yere hareket edebilen DNA moleküllerine transpoze element denilir; kısaca TE.
Retrovirüslerin TE'lerinin de hedeflenen TE boyunca özel olarak belirli 'sıcak noktaları' seçip girdiği görülmüştür. Yani özellikle o bölgeye giriyorlar.
Mesela; retrotranspoze Alu elemanları, diğer Alu'ların sokulması için özel sıcak noktalar içerirler.
TE'lerin mevcut TE'lerdeki özel pozisyonlara eklenmeye belirli bir oryantasyon yani yönlendirmeye sahip oldukları tespit edilmiştir.
Bunların TE olmayan diğer intergenik bölgelere yerleştirmeye göre 4 kat daha yüksek bir eğilim gösterdikleri belirlenmiştir.
https://academic.oup.com/nar/article/38/5/1515/3112509
Hem insan hem de galago ailesinin Alu retrovirüs elementlerinin tercihen özel olarak d(Adenin+Timin) zengin bölgelere eklendiği görülmüştür.
https://academic.oup.com/nar/article-abstract/13/24/8939/2358649
Fred Hutchinson Kanser Araştırma Merkezince edite edilen 2004 yılındaki bi çalışmada;
İnsan immün yetmezlik retrovirüsünün (HIV), kuş sarkomu-lösoz retrovirüsünün (ASLV) ve murin lösemi retrovirüsünün (MLV) özel olarak belirli entegrasyon sitelerini yani birleşme bölgelerini tercih ettiği görülmüştür.
https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.0020234
Retrovirüslerin ortak atadan gelmeksizin; her türe ayrı olarak girip her türün kendi atasından nesilden nesile aktarılmış olabileceğini destekleyen çok örnek var:
Goril ve şempanze genomlarında ortolog konumda yani aynı atadan geldiği düşünülen konumda HERV-K retrovirüsü bulunuyor, ancak insan genomunda bulunmuyor.
Oysa şempanze ve gorilin ilk kesiştikleri ortak ata aynı zamanda insanın da ortak atası evrimin soy ağacına göre.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/11378389/
Eğer bu retrovirüs şempanze ve gorilin ayrıldıkları ortak atasına girmiş ve oradan da onun soyuna geçmişse aynı atanın torunu olan insana da geçmesi gerekirdi.
Kaba bi benzetmeyle; dedemizde bulunan ve dölden döle aktarılan bir retrovirüs amca oğullarımızda görülüyor. Amcaoğullarımıza amcamızdan, amcamıza da dedemizden geçmiş deniliyor.
Ama amcamıza aktarılan o retrovirüsün babamıza da geçmesi gerekirdi. Çünkü babamız da amcamız gibi dedemizin oğlu.
Babamıza geçmişse bize de geçmiş olmalıydı.
Ama bizde yok.
O hâlde ya babamız, dedemiz sandığımız bireyin oğlu değil veya biz babamız saydığımızın oğlu değiliz.
DNA testine benzetirsek; DNA'sı uyuşmuyorsa "Çocuk sizden değil." denilir.
Bu durumda ya evrimin bu soy ağacı doğru değil.
Veya ikinci ihtimal; soy bu şekilde ise demek ki bu retrovirüs dedemizde yoktu, amcaoğullarımıza dedemizden aktarıldığı için değil ayrı ayrı olarak girmiştir bu virüs.
Her iki durumda da bu retrovirüs ortak atanın delili olmuyor.
Amcaoğullarımıza ayrı ayrı girip, hepsinde de başka yer yokmuş gibi aynı yere tutunması mümkün değil denilemez.
Çünkü yukarıdaki hırsız örneğinde olduğu gibi; ayrı ayrı birbirlerinden bağımsız olarak o bölgeye yönelme güdülerinin olması gayet de mümkün.
Ya da füze örneğinde olduğu gibi; zaten o yere tutunmaya programlanıp, özellikle o bölgeye kilitlenebilir virüsler.
Nitekim bunun çok örneği var:
Örneğin, HIV retrovirüsü sıklıkla özel olarak doğrudan L1H veya Alu tekrarlayan elemanlardan oluşan bir nükleozom mesafesi içinde entegre olur.
Sverdlov tarafından yapılan çalışmada;
Matematiksel olarak tahmin edilenden 280 kata kadar fazla olarak; retrovirüslerin özel seçimle girip birleştikleri bölgeler tespit edilmiştir.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0014579398004785
İnsan olmayan primatlar, “endemic infectious retrovirus” taşırlar. Bunun iki türü vardır. Birincisi, simian foamy virüsleri (SFVs); diğeri, simian infectious retrovirüstür (SIVs). Ancak bunlar biz insanlarda bulunmaz. Eğer bu retrovirüsler primatlara ortak atamızdan gelmiş olsaydı,bize de aynı atadan bu retrovirüslerin gelmesi gerekirdi. Yani bütün kuzenlerimizde varsa;bunun, kuzenlerimize amcalarımızdan geçmiş olması, amcamıza geçenin de babamıza ve dolayısıyla bize de geçmiş olması gerekirdi. Bu durumda ya bu retrovirüsler kuzenlerimize ayrı ayrı girdi ve onlardan da soylarına geçti veya biz onlarla ortak dededen gelmiyoruz. Her iki durum da evrimin aleyhinedir ve retrovirüslerin kesin olarak ortak atayı zorunlu kıldığı dayatmasını geçersiz kılar.
Stephen C. Meyer, Theistic Evolution: The Scientific Critique of Theistic Evolution, (Crossway, 2017), s.489
Şempanze ve gorildeki PTERV1 retrovirüslerinin ortak atadan gelmediğine dair kanıtlar mevcut.
Bunlardan biri; şempanze, goril, makak ve babunda bulunan PTERV1 retrovirüs eklemelerinin konumu neredeyse hiç örtüşmüyor.
Yer benzerliği % 4 kadar.
Yani %96 kadar farklı konumlara yerleşmiş.
Oysa ortak atadan geliyor olsalardı bulundukları konumların da aynı olması gerekirdi.
İkincisi, PTERV1 retrovirüsünün bu farklı türlerdeki varlığının filogenetik şeması çıkarıldığında, bu şema evrimin filogenetik ağacı ile uyuşmuyor.
Ya bu retrovirüs ortak atadan gelmedi veya evrimin soy ağacı yanlış.
Her iki durumda da bu retrovirüs ortak atanın delili olamıyor.
Aksine buradan bir ortak ata dayatmasının türetilemeyeceğinin delili oluyor.
PTERV1 retrovirüsünün şempanze ve makak arasında ortolog bölgelere girmedikleri belirlenmiştir.
Yani ortak soydan gelen aynı bölgelere girmemişler, oysa bu retrovirüsler ortak atadan aktarılmış olsaydı aynı bölgelerde konumlanmaları gerekirdi.
Bu da retrovirüsün şempanze ve makak türlerinin atalarına ayrı ayrı ve birbirinden bağımsız olarak girip bağlandıklarını gösteriyor.
https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.0030110#pbio-0030110-g001
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1054887
/
Bu retrovirüsün bu türlerdeki yerleşimi evrimin filogenetik ağacı ile çelişiyor. Mesela; diğer primatların aksine insan ve orangutan PTERV1 retrovirüs sekansından tamamen yoksundur.
Şempanzede olup insanda bulunmaması da amcaoğulları örneğine benzer şekilde soy ağacıyla çelişiyor.
Çünkü babamızdan kardeşimize geçmişse, bize de geçmiş olmalıydı.
Bu durumda biz babamızdan gelmiş olmuyoruz.
Veya bu retrovirüs şempanzeye ortak atamızdan gelmedi.
https://evolutionnews.org/2011/05/do_shared_ervs_support_common_/
Başka bir örnek: HERV-K GC1 retrovirüsü şempanzelerde, bonobolarda ve gorillerde bulunur, ancak insanlarda bulunmaz. Bu da yine kuzenlerimizde ve kardeşlerimizde bulunup bizde bulunmayışından dolayı yine amcaoğlu örneğine geliyor.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18198388/
Ortak ata tezini geçersiz kılan tek kanıtlar bunlar değil. Bi başkasını izah edelim:
Retrovirüsün DNA uçlarında bulunan tekrarlayan dizilere LTR denilir.
Retrovirüsün entegrasyon yani insan DNA’sıyla birleşme sırasında LTR’ler aynı olduklarından; başlangıçta aynı olan bu dizilerin milyonlarca senede uğradıkları mutasyon miktarları yaşlarını tahmin etmemizi kolaylaştırır.
Bir LTR ne kadar fazla mutasyona uğramış ise o kadar yaşlı demektir. Yani o kadar eski bir zamanda insan hücresine girmiştir.
https://evolutionnews.org/2011/05/revisiting/
Örneğin şempanzede 1p31.1a bölgesindeki LTR’de mutasyonla görülen sapmalar, insanın aynı 1p31.1a bölgesinde gözlenenden 6,5 kat daha fazladır.
Oysa bu bölgeler ortolog kabul edilir, yani ortak atadan aktarılan ortak bölgeler. Ve bu bölgelerde görülen mutasyonlar arasında bu derce 6,5 katlık bir uçurumun görülmemesi gerekirdi. Çünkü şempanze ve insan türleri ayrıldığında bu LTR’ler özdeşti, daha sonra milyonlarca sene mutasyonların birikmesi ile bunlarda görülen farklılaşmaların boyutu onların yaşını verir. En fazla farklılaşan en yaşlı LTR’dir.
Bu durumda şempanze LTR’si 6,5 kat daha fazla sapmışsa,bu; insandaki retrovirüsün şempanzedekinden çok çok sonraları insana entegre olduğu anlamına geliyor.
Bu da retrovirüsün aynı ortak atadan aktarılarak şempanze ve insana geldiği görüşünü zayıflatır. Çünkü; evrimin filogenetik ağacında söylendiği gibi gelmiş olsaydı aralarına 6,5 katlık kadar büyük bir fark girmezdi.
Evrimin soy ağacına göre insan ve şempanze türleri arasındaki ayrışma, bu kadar büyük bir fark oluşturacak kadar uzun bir zaman almadı çünkü.
https://retrovirology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12977-015-0162-8